L'histoire des pharmacies minières est étroitement liée à l'apparition d'une protection sociale particulière pour les mineurs.
En effet, le roi Henri IV, par édit du 14 mai 1604, prévoit qu'une retenue d'un trentième sera pratiquée sur le produit des mines pour la rémunération d'un chirurgien et pour l'achat de médicaments.
Cette mesure est confirmée par décret impérial du 3 janvier 1813 qui oblige les exploitants des mines à disposer de moyens de secours, de médicaments et à entretenir des chirurgiens.
Lorsque les sociétés de secours mutuelles sont créées, elles prennent à leur charge le coût des médicaments. Mais plusieurs d'entre elles se regroupent et vont plus loin. Elles instaurent de véritables pharmacies mutualistes réservées exclusivement aux mineurs et à leur famille, comme à Aubin (Aveyron) en 1922.
 Ancien mobilier de la Pharmacie d'Aubin après sa fermeture |
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 Pharmacie de La Mure (Isère) |
Toutefois, ce n'est qu'après la seconde guerre mondiale que l'on peut réellement appréhender l'essor des pharmacies minières. En une vingtaine d'années, ce sont plus de 50 pharmacies qui sont ainsi ouvertes par le régime, lequel en compte 74 en 1969. Leur nombre va ensuite aller en diminuant.
Il s'agit là d'une situation tout à fait unique car aucune autre corporation ne dispose de pharmacies dédiées. Le droit de la mutualité, en la matière, est d'ailleurs très contraignant.
C'est aussi une des principales raisons pour lesquelles les pharmacies minières sont les seules œuvres qui n'ont pas été ouvertes à la population venant d'autres régimes.
Ces pharmacies prennent en charge directement certains examens (sucres, albumine, acétone...) sans passer par des laboratoires d'analyses médicales.
Parmi les premiers marchés nationaux de médicaments génériques qui ont été mis en place en France on trouve ceux passés par la CANSSM pour les pharmacies minières.